La gobernanza de la CDIA se da a través de la Asamblea, Plenaria, grupos de trabajo, Consejo Directivo y el equipo técnico.

La Asamblea General Ordinaria, de las OSC integrantes de la CDIA, es la autoridad máxima de la institución. Actualmente, está conformada por 25 organizaciones titulares y 13 adherentes.

La Asamblea elige un Consejo Directivo, integrado por representantes de las organizaciones, y uno de ellos asume las funciones de la Secretaría General como representante legal de la coalición. Además la coordinación operativa es asumida por una persona que ejerce el cargo de Dirección Ejecutiva.

La Dirección Ejecutiva lidera un equipo técnico y administrativo que impulsa el desarrollo de las actividades y proyectos de la institución.

Las Plenarias periódicas aseguran a las organizaciones integrantes recibir informes de actividades, debatir temáticas que atañen a los derechos de la niñez y la adolescencia, así como analizar la coyuntura nacional.

Además, existen cuatro Comités de Trabajo, en base a los Ejes del Plan Estratégico Institucional, que tienen a su cargo articular y orientar el avance de las actividades de la de la CDIA.